Vznik Morského oka spadá do obdobia doznievania sopečnej činnosti vo Vihorlate. Mohutný zosuv z východného svahu Motrogonu a Jedlinky zahradili dolinu potoka Okna a za vzniknutou bariérou vzniklo prírodné jazero. Morské oko je výnimočné svojim pôvodom, polohou, fyzikálno-chemickým a biologickým režimom.

Do jazera ústi 6 stálych prameňov a niekoľko periodických. Prebytočnú vodu z jazera odvádza potok Okna. Pobrežie je veľmi členité. Jeho západná a severná časť má mierny sklon a je pokrytá jemným pieskom. Východný breh je strmý a kamenitý. Hlbšie časti jazera sú pokryté hrubou vrstvou bahna. V blízkosti prítokov sa hromadí lístie, z ktorého sa celoročne uvoľňuje metán.